Sie unterliegen einem Irrtum.
Es gilt § 9 Abs. 1 EStG:
(1) Werbungskosten sind Aufwendungen zur Erwerbung, Sicherung und Erhaltung der Einnahmen. Sie sind bei der Einkunftsart abzuziehen, bei der sie erwachsen sind.
Damit sind Werbungskosten nicht nur bei nichtselbstständiger Arbeit möglich, sondern bei anderen Einkunftsarten auch.
Z.B. eben auch bei freiberuflichen Einnahmen oder auch bei Mieteinnahmen.
Bei Einnahmen aus einem Gewerbebetrieb gibt es keine Werbungskosten. Da heißen solche Aufwendungen Betriebsausgaben (§ 4 Abs. 4 EStG). Das ist zwar ein rechtlicher Unterschied, allerdings werden in der Praxis der Besteuerung die Vorschriften für Werbungskostenabzug und Betriebsausgabenabzug analog angewendet. Also gibt es - ausser dem anderen Namen - materiell keinen Unterschied mehr zwischen diesen Abzugsposten.
Insoweit steht einer Abzugsfähigkeit Ihrer Semestergebühren und Fahrtkosten nichts entgegen. Das sind Werbungskosten Ihrer freiberuflichen Tätigkeit. Sie sind auch abzugsfähig, denn Ihr Studium ist mit dem Diplom abgeschlossen. Ihre Doktorarbeit findet im Rahmen einer weiteren beruflichen Qualifizierung statt. Die Kosten dafür sind voll abzugsfähig.
Erstmal vielen Dank für die Info. 
Ich mache meine Steuererklärung immer mit der Wiso Steuersoftware. Letztes Jahr habe ich meine Einkünfte aus den Werkverträgen einfach unter "Laufende Einkünfte aus freiberuflicher Tätigkeit" --> Gewinnermittlung nach §4 Abs.1 oder §5 EStG (Bilanz) und dann unter laufende steuerpflichtige Einkünfte eingetragen. Eine Möglichkeit bei dieser Auswahl Fortbildungskosten bzw. Betriebsausgaben abzusetzen gibt es leider nicht. Hatte ich letztes Jahr auch nicht gemacht.
Wähle ich die Gewinnermittlung nach §4 Abs. 3 EStG (EÜR) bekomme ich eine ganze Menge an Möglichkeiten, hier irritiert mich aber schon die Bezeichnung unter Allgemeine Angaben. Hier muss ich die Rechtsform des Betriebs angeben, ich habe aber garkeinen Betrieb angemeldet. Ich schreibe in dem Sinn auch keine Rechnungen sondern habe eben Werkverträge bei denen ich im Zeitraum X ein bestimmtes Ergebnis liefern muss.
Sorry, steh da grad auf dem Schlauch und würd mich über weitere Tips freuen
Ich kenne das WISO-Programm nicht. Allerdings kann ich mir vorstellen, dass es für Arbeitnehmer konzipiert ist und deswegen bei freiberuflichen Einkünften etwas schmalbrüstig ist.
Sie sollten jedenfalls nicht die Einkünfte aus Gewerbebetrieb wählen, denn solche liegen ja nicht vor.
Als Freiberufler können Sie Ihren Gewinn als Überschuß der Betriebseinnahmen über die Betriebsausgaben ermitteln (§ 4 Abs. 3 Satz 1 EStG).
Wenn das WISO-Programm die sog. "4-3-Rechnung" nur bei Einkünften aus Gewerbebetrieb zulässt, dann ist das etwas schwach. Sie können sich behelfen, indem Sie einfach unter laufende Einkünfte - wie im Vorjahr - Ihren Nettoertrag eingeben.
D.h. Sie ziehen vorher bereits (außerhalb der WISO-Software) alle Betriebsausgaben ab und geben dann halt nur ein, "was übrig bleibt".
