AfA bei gleichzeitigem Gehalt / Minderung Einkommen

Beide Varianten sehen komisch aus - die Berechnung für die Einkommensteuer funktioniert anders.

Die Einkünfte aus Vermietung und Verpachtung stehen neben deinen anderen Einkunftsarten. Dabei kann bei der Vermietung auch ein Verlust entstehen, der mit den anderen Einkunftsarten verrechnet wird. Die Zinsen und die AfA der Immobilie mindern die Einkünfte aus der Vermietung.

Ich würde mich an deiner Stelle damit an einen Steuerberater wenden.

Bei der Einkommensteuer werden verschiedene Arten von Einkünften zunächst einmal unabhängig voneinander betrachtet. Unter anderen sind das in Deinem Fall die "Einkünfte aus "Nicht selbstständiger Arbeit" (also klassisch Lohn/Gehalt) und Einkünfte aus "Vermietung und Verpachtung" (also bei Dir Mieteinkünfte). Wenn überhaupt, dann ist also die Variante 2 "weniger falsch".

Von den jeweiligen Einkünften kannst Du jeweils Werbungskosten sowie ggf. Sonderausgaben absetzen, die Dein zu versteuerndes Einkommen reduzieren.

Du kannst z. B. nicht einfach den Kaufpreis als Grundlage der AfA nehmen, sondern musst u. a. den Wert des Grundstücks herausrechnen. Ansonsten können auch etwa die Grundsteuer usw. als Werbungskosten bei Vermietung geltend gemacht werden.

Die Details in Deiner Situation solltest Du – wie Joergi auch schon erklärt hat – im Zweifel besser mit einem Steuerberater klären.